... ir parvesiu jus vėl į šią vietą, iš kurios Aš jus ištrėmiau. (Jer 29, 14)

Evangelikų liuteronų parapija Vilniuje veikė jau 1552 Viešpaties metais. Pirmoji bažnyčia įkurta Vokiečių gatvėje 1555 m. Parapija turėjo savo antspaudą su Dievo Avinėliu ir užrašu: „Diligite veritatem et pacem“ (lot. „Branginkite tiesą ir taiką“).

Eidami aukštas pareigas ir turėdami įtakingų rėmėjų, liuteronai daug prisidėjo prie miesto gerovės: prie bažnyčios įkūrė mokyklą, biblioteką, ligoninę, vaistinę, vaikų darželį, senelių ir našlaičių namus. Už nedidelį mokestį į juos buvo priimami ir kitų konfesijų tikintieji.

Liuteronų bažnyčia Vilniuje daug kartų degė. 1739 08 03 padėtas dabartinės bažnyčios kertinis akmuo. Greta jo įmūryta švininė memorialinė lenta su užrašu, kuriame minimas bažnyčią saugantis Augusto III raštas. Projektavimo ir statybos darbai patikėti architektui Johanui Christophui Glaubitzui. Iš užsienio šalių pakviesti skulptoriai sukūrė puošnų altorių. Jo apačioje pavaizduotas Kristaus gimimas prakartėlėje, virš jos – Paskutinė Vakarienė, aukščiau – nukryžiuotas Jėzus Kristus ir pačiame viršuje – Kristaus dangun žengimas. Altorių supa žmogaus dydžio keturių evangelistų figūros bei apaštalai Petras ir Paulius su insignijomis. Meistras vokietis Arendt Gerhardt Zelle 1751 – 1753 metais pastatė vargonus.

1555-1940 m. parapiją Viešpaties link vedė 67 kunigai.

Sovietų valdžia 1940-1941 m. nacionalizavo bažnyčiai priklausiusius pastatus. Neilgai trukus pradėtas šventovės vidaus naikinimas: dalis altoriaus išnešta, sakyklos žemutinės dalies bareljefai apgadinti.

Sovietų Sąjungai okupavus Lietuvą, 1941 m. pradžioje kunigas Siegfried Oskar Loppe ir dalis parapijiečių pasitraukė į Vokietiją.

Po karo parapijos gyvenimas buvo užgesintas. Bažnyčioje įsikūrė skulptorių dirbtuvė. Vargonų ir senjorų balkonai išgriaunami. Altorius iki pusės užmūrijamas. Jo kolonų papuošimai sunaikinami, skulptūros pradanginamos, sakykla išgriaunama. Antrajame aukšte įrengiama krepšinio salė. 1974 m. galutinai su žeme sulyginamos liuteronų kapinės (įsteigtos 1809 m.), nugriaunama jose stovėjusi didžioji koplyčia su vargonais bei varpu, kiti pastatai. Koplyčios vietoje pastatomi Vilniaus santuokų rūmai.

Viešpaties valia Vilniaus evangelikų liuteronų parapija atsikuria 1988 11 19, kilus Sąjūdžiui. Pirmąsias pokario pamaldas atsikuriančiai Vilniaus evangelikų liuteronų bendruomenei 1989 03 08 laiko vyskupas Jonas Kalvanas senjoras. Bažnyčios pastatui liekant valstybės nuosavybe, pamaldos vyksta Vilniaus katalikų Arkivyskupijos kurijos salėje (Šv. Mikalojaus g. 4), vėliau – Vilniaus universiteto Teatro salėje. Bendruomenė pirmiausia atgavo varpinę. Nuo 1990 02 16 joje kiekvieną sekmadienį pradedamos laikyti pamaldos. Nuo gruodžio 26 d. pamaldos laikomos parapijos salėje.

1995 01 20 varpinės bokšte suskambo seseriškos Høvik parapijos rūpesčiu Norvegijoje Tønsberg varpų liejykloje Olsen Nauen Klokkestøperi nulietas varpas.

Pirmosios pamaldos restauruotoje bažnyčioje įvyko lygiai po septynerių metų nuo parapijos atsikūrimo – 1995 11 19.
2008 m. rugsėjo 27 d. pašventinami naujieji parapijos vargonai. 31 registro 2 manualų ir pedalų vargonai sukurti Orgelbau Klais Bonn firmai bendradarbiaujant su Laimučio Pikučio vargonų firma Lietuvoje.

Šiandien parapijoje yra apie 600 narių.